Les Pécaris sont omnivores, mais ils affectionnent les racines, les fruits et les graines. Sur leur aire de répartition, les cactus forment le gros de leur alimentation mais ils mangent aussi des insectes et des petits invertébrés.
Leur groin très sensible leur permet de trouver la nourriture et leurs défenses permettent de creuser le sol et de couper les racines, causant parfois des ravages dans les champs.
Avec leurs 3 alvéoles distinctes (un peu comme chez la vache), leur estomac permet de digérer les aliments riches en cellulose.